杭州華大生命科學(xué)研究院與南方科技大學(xué)創(chuàng )建了一個(gè)解碼動(dòng)物發(fā)育過(guò)程的多模態(tài)數據集，生成了果蠅全發(fā)育周期的3D單細胞時(shí)空多組學(xué)圖譜，為生物發(fā)育提供了分子層面的參考，有望為發(fā)育缺陷及相關(guān)疾病機制研究奠定基礎。相關(guān)成果26日發(fā)表于國際學(xué)術(shù)期刊《細胞》。

　　研究人員介紹，動(dòng)物發(fā)育是基因與細胞在時(shí)空維度上精密協(xié)作的復雜過(guò)程。以果蠅為例，其發(fā)育的過(guò)程，大體需要經(jīng)過(guò)卵、幼蟲(chóng)、蛹和成蟲(chóng)4個(gè)階段。如果說(shuō)這個(gè)成長(cháng)過(guò)程，是一場(chǎng)精密編排的“生命舞臺劇”，那么每個(gè)細胞何時(shí)何地“登場(chǎng)”、如何變成特定的細胞類(lèi)型，便都是由基因“劇本”調控的。

　　

　　圖為果蠅發(fā)育的全景分子時(shí)鐘。(杭州華大生命科學(xué)研究院供圖)

 

　　研究團隊基于華大自主研發(fā)技術(shù)，對果蠅胚胎每0.5至2小時(shí)、幼蟲(chóng)及蛹期的各個(gè)關(guān)鍵階段進(jìn)行采樣，生成超過(guò)380萬(wàn)個(gè)空間分辨的單細胞轉錄組，并利用“Spateo”算法工具重建出高精度3D模型，精準解析組織形態(tài)與基因表達的空間動(dòng)態(tài)。通過(guò)整合數據，進(jìn)一步構建了果蠅胚胎發(fā)育的“分化軌跡地圖”，解析了細胞命運決定的關(guān)鍵分子機制。

　　“研究發(fā)現，不同胚層的細胞會(huì )沿著(zhù)特定路徑分化，轉錄因子就像‘導演’，通過(guò)激活或抑制基因，指揮細胞扮演特定角色。”文章共同第一作者、杭州華大生命科學(xué)研究院專(zhuān)項科學(xué)家王明月說(shuō)，研究發(fā)現多個(gè)此前未被鑒定的轉錄因子，在神經(jīng)、腸道及內分泌系統中可能起關(guān)鍵作用。

　　王明月表示，果蠅與人類(lèi)共享約70%的疾病相關(guān)基因，理解其發(fā)育過(guò)程及基因調控機制，能夠幫助我們更好地探究生命發(fā)育等重要科學(xué)問(wèn)題，并為人類(lèi)發(fā)育疾病領(lǐng)域相關(guān)研究提供參考。